发票认证由代理公司出具双抬头的话对客户清关会不会产生影响？

不会的，沙特接受双抬头的发票认证(需要注意的话若是做信用证的情况下，信用证要求发票由受益人出具或表明不接受第三方单证的话，这样发票就不能办理双抬头的)