代理代办双抬头的原产地证CO和发票贸促会认证是否影响使用？

不是做信用证的话，发票和产地证是可以由第三方出具的,对客户清关没影响，只有当信用证明确规定不接受第三方单证的情况下,才不能找代理出具

出口中东的还需要产地证商会认证，这个要怎么办理?

中东可以办理的产地证是一般产地证CO, 需要在贸促会出具(贸促会就是商会),公司若没在贸促会备案的话可以找代理出具一份提供发票和提单电子版，当天出证；

做信用证的，要求产地证需要一正3副本可以的吗?

可以的，产地证CO可以做多个副本；